Tuy nhiên, kết quả hơn 2 năm thực hiện nghị định này cho thấy, mặc dù tình trạng chồng chéo trong công tác thanh tra, kiểm tra tại các doanh nghiệp đã giảm đáng kể, nhưng vẫn có doanh nghiệp trong một năm thuộc đối tượng kiểm tra, thanh tra của nhiều đoàn thanh tra, kiểm tra do các cơ quan khác nhau thành lập. Tình trạng chồng chéo trong công tác thanh tra chuyên ngành (nhất là lĩnh vực đất đai, khoáng sản và môi trường) giữa các bộ, ngành vẫn còn xảy ra. Chẳng hạn công tác thanh tra về môi trường được giao cho Bộ Tài nguyên và Môi trường nhưng Bộ Xây dựng, Bộ Công thương, Bộ Y tế, Bộ Công an cũng thực hiện thanh tra.

Nguyên nhân chủ yếu được Bộ Tài nguyên và Môi trường đưa ra là do các cơ quan chưa tuân thủ đúng nguyên tắc, cơ chế phối hợp. Cụ thể, Điều 53, Nghị định 155 quy định, Bộ Công an định kỳ 6 tháng và hàng năm báo cáo tình hình, kết quả kiểm tra, xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường của lực lượng Công an nhân dân cho Bộ Tài nguyên và Môi trường để tổng hợp, công khai theo quy định pháp luật; Sở Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm tổng hợp, báo cáo Bộ Tài nguyên và Môi trường tình hình, kết quả kiểm tra, thanh tra và xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường trên địa bàn tỉnh định kỳ 06 tháng và hàng năm.

Tuy nhiên, theo ghi nhận, từ năm 2016 đến nay, Bộ Tài nguyên và Môi trường chưa nhận được các báo cáo nêu trên của Bộ Công an; việc báo cáo của các Sở Tài nguyên và Môi trường cũng không thường xuyên, đầy đủ. Từ đó, Bộ này cũng không đủ dữ liệu, số liệu để thực hiện trách nhiệm công khai kết quả xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường trên phạm vi cả nước.

Bên cạnh việc thực hiện chưa nghiêm túc các quy định nêu trên, quá trình triển khai các đoàn thanh tra chuyên ngành môi trường cũng còn ít nhiều hạn chế. Chẳng hạn, theo quy định của Luật Thanh tra, các đoàn thanh tra phải thông báo trước, chỉ được làm việc trong giờ hành chính; trong khi hoạt động sản xuất, kinh doanh của các cơ sở ngoài giờ hành chính là khá phổ biến. Chính vì thế các doanh nghiệp lại luôn tìm cách đối phó với các lực lượng chức năng, lợi dụng quy định này để tiến hành xả trộm chất thải vào ban đêm…

Ngoài ra, các văn bản pháp luật liên quan lại chưa quy định trình tự, thủ tục của hoạt động thanh tra đột xuất; thiếu quy định về công tác kiểm tra về bảo vệ môi trường đối với các doanh nghiệp… Điều này ảnh hưởng trực tiếp đến hiệu lực của việc thi hành các quy định pháp luật về xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực môi trường.